LC液相色譜儀由泵將儲液瓶中的溶劑吸入色譜系統，然后輸出，經流量與壓力測量之后，導入進樣器。被測物由進樣器注入，并隨流動相通過色譜柱，在柱上進行分離后進入檢測器，檢測信號由數據處理設備采集與處理，并記錄色譜圖。廢液流入廢液瓶。遇到復雜的混合物分離(極性范圍比較寬)還可用梯度控制器作梯度洗脫。這和氣相色譜的程序升溫類似，不同的是氣相色譜改變溫度，而LC液相色譜儀改變的是流動相極性，使樣品各組分在*條件下得以分離。
LC液相色譜儀使用中常見的問題及注意事項
1、過濾時有時會出現流動相漏液。可能的原因是濾膜放置不正確和接頭有點錯位，導致流動相從縫隙中漏出。
注意：操作時，應先向濾瓶內倒入少量流動相，觀察是否漏液并開始過濾，若未漏液，再向濾瓶中添加流動相。
2、超聲時，瓶外液體的液面應高于瓶內流動相的液面，否則流動相內的氣體可能無法排出液體，氣體仍然殘留在流動相內，以致開機排氣時無氣泡排出。
3、開機排氣結束后，應先將流動相流量調小，再關閉排氣閥，否則會導致柱壓瞬間升高超過壓力上限，致使泵停止工作。
4、反相LC液相色譜儀沖洗柱子時，應盡量避免使用純水流動相沖洗柱子，因為水極性強，會損害色譜柱，導致柱效下降。
5、沖洗色譜柱時，還可輔助以不同比例的混合流動相沖洗色譜柱，以沖出不同極性的殘留物質，但zui后還是要用純有機流動相沖洗色譜柱一段時間。
6、在實驗過程中會出現壓力超過上限或壓力偏高，有可能是柱內有殘留物質未被沖出，此時應用較大流速的有機流動相充分沖洗色譜柱。若條件允許，也可采用梯度洗脫的方式沖洗色譜柱。壓力過高也有可能是濾頭堵塞，此時可將濾頭取出放到有機溶劑中超聲。
7、若隔天或更長時間不使用LC液相色譜儀，應將兩流動相瓶中均倒入純的有機流動相（因為水流動相長時間不用會滋生細菌，污染濾頭和色譜柱，導致下次開機使用時會出現鬼峰，基線不穩）。
8、進樣時所進樣品的體積應不小于色譜柱的zui大容積，且進樣時注射器里的氣泡一定要排出，不可將氣泡打進色譜柱。
